Nei prossimi giorni, dal 18 al 20 Settembre, presso il Park Hotel San Michele di Martina Franca (TA), si svolger una Conferenza Internazionale di Bioinformatica sul tema: Leading applications and technologies in Bioinformatics.
La conferenza, organizzata dalla Dott.ssa Domenica DElia e dal Dott. Andreas Gisel dellIstituto di Tecnologie Biomediche (ITB) dellArea della Ricerca del CNR di Bari, vedr la partecipazione di pi di 100 scienziati, provenienti da tutte le parti del mondo, impegnati alle frontiere della ricerca scientifica biologica per celebrare il 20 anniversario di EMBnet, un network internazionale di Bioinformatica di cui LITB di Bari Nodo Nazionale Italiano.
Per spiegare limportanza e la portata di questo evento ne parliamo con la Dott.ssa Domenica DElia, Node Manager del Nodo Italiano EMBnet, e del Dott. Andreas Gisel che collabora attivamente con lei in questa attivit, facendoci spiegare cosa la Bioinformatica e che cosa rappresenta EMBnet.
Che cosa la Bioinformatica?
La Bioinformatica una disciplina che usa gli strumenti informatici per organizzare e studiare i dati biologici. La continua crescita della nostra conoscenza della vita e dei meccanismi attraverso i quali essa si sviluppa ed evolve nel tempo derivano dallo studio delle macromolecole che costituiscono gli elementi costitutivi di base di tutti gli organismi viventi, gli acidi nucleici, come il DNA e lRNA, e le proteine. La scienza che si occupa dello studio di queste macromolecole e di come esse intervengono nella duplicazione, differenziazione e nello sviluppo della cellula la Biologia Molecolare. Questa una scienza relativamente giovane, nata nella seconda met del secolo scorso grazie a due conquiste scientifiche rivoluzionarie: la scoperta, nel 1944, da parte del canadese Oswald T. Avery, della funzione del DNA come responsabile della trasmissione delle informazioni genetiche, e la scoperta della struttura a doppia elica del DNA, avvenuta nel 1953 da parte del biologo statunitense J. D. Watson e del fisico inglese F. C. Crick. Da allora i progressi fatti nel campo delle scienze biologiche, della medicina e delle biotecnologie sono stati enormi e il pi grosso contributo venuto proprio dal sequenziamento e dallanalisi molecolare del DNA e delle proteine, ma tali progressi sarebbero stati impossibili senza il supporto della Bioinformatica. La quantit di dati prodotti dalle nuove tecnologie molecolari cresce in maniera esponenziale ogni giorno e uno dei pi grossi problemi che gli scienziati devono affrontare proprio la gestione e lanalisi di questa enorme quantit
di informazione. Per poter studiare i dati ottenuti dai progetti di sequenziamento, dalle analisi di espressione dei genomi e da tante altre procedure di ricerca sperimentale e no, necessario che questi siano ben organizzati, cio classificati e integrati, e resi disponibili in maniera facile e sicura alla comunit scientifica. Gli strumenti per fare questo sono sviluppati grazie alla ricerca Bioinformatica e computazionale. Il primi strumenti ad essere sviluppati per la gestione dei dati molecolari sono state le banche dati biologiche primarie.
Come nato EMBnet e qual in suo ruolo nella ricerca Bioinformatica?
EMBnet (European Molecular Biology network) nacque nel 1988 per iniziativa dellEMBL (European Molecular Biology Laboratory), il primo Laboratorio Europeo di Biologia Molecolare con sede ad Heidelberg, in Germania. Questa iniziativa fu promossa per rispondere alle crescenti necessit della comunit scientifica di usufruire in maniera efficace della moltitudine di dati molecolari che continuavano ad accumularsi nelle banche dati. Per comprendere appieno il senso e la portata di questa iniziativa bisogna immaginare cosa era il mondo prima dellavvento di Internet e prima che la Bioinformatica si diffondesse ed affermasse come una disciplina scientifica, oggi nota a tutti ma che allora ben pochi conoscevano. Laccesso alle banche dati primarie di acidi nucleici e proteine, la ricerca e lestrazione dei dati in esse contenuti, la loro integrazione ed analisi richiedevano strumenti e competenze che non erano alla portata di tutti i laboratori di biologia molecolare. Il network nacque quindi con lo scopo di costituire una rete europea di centri specializzati che dovevano farsi carico di integrare e supportare gli sforzi dellEMBL Data Library. La finalit primaria del network era quella di sostenere la ricerca Europea nel campo della Biologia Molecolare rendendo fruibili i dati e gli strumenti di analisi bioinformatica allora disponibili attraverso una distribuzione capillare delle risorse e dei servizi, svolgendo inoltre e soprattutto unefficace azione di formazione in questo campo. Ogni centro di ricerca aderente alliniziativa, uno per ogni paese europeo che partecipava al network, chiamato nodo Nazionale, costituiva e costituisce ancora oggi il punto di riferimento del network facendosi carico di trasferire conoscenze, strumenti e tecnologie alla comunit scientifica nazionale attraverso una serie di servizi tra cui laccesso alle risorse comuni del network, il supporto per il loro utilizzo e la formazione. Il nodo Italiano EMBnet stato uno dei primi promotori di questo network grazie alle capacit intuitive della Prof.ssa Cecilia Saccone, che seppe comprendere sin dallora limportanza che la Bioinformatica avrebbe assunto nello sviluppo della ricerca nel campo della biologia molecolare.
Da quando stato fondato EMBnet si infatti trasformato da un semplice network informale di singoli rappresentanti interessati al mantenimento di banche dati biologiche ad una organizzazione internazionale che, grazie al lavoro di bioinformatici professionisti, continua a svolgere il suo ruolo attivo di comunit al servizio del progresso della ricerca scientifica biologica pi avanzata.
Attualmente, la rete EMBnet costituita da 38 nodi europei ed extraeuropei dislocati in 31 diversi Paesi, a loro volta classificati in Nodi Nazionali e Nodi a funzione Speciale, che operano in maniera cooperativa mettendo a disposizione della comunit scientifica nazionale e internazionale una serie di servizi quali: pi di 150 professionisti, risorse hardware e software, includendo diverse reti e progetti di GRID computing (EGEE, DEISA, BIOINFOGRID, EELA, EMBRACE and HealthGRID) e terabytes di capacit di storage. EMBnet fornisce inoltre l'accesso a pi di 120 banche dati biologiche e bibliografiche e un servizio di formazione e training in Bioinformatica attraverso un panel di esperti disponibili per corsi specializzati in situ e per collaborare in iniziative di formazione, fornendo l'accesso remoto a corsi virtuali e materiale didattico. A questo proposito EMBnet ha recentemente sviluppato e messo a disposizione anche un portale di e-Learning (http://edu.embnet.org) e inoltre pubblica un newspaper, l'EMBnet.news, disponibile presso il sito EMBnet (http://www.embnet.org/EMBnet.news) e una serie di Quick Guide per gli utenti anche queste liberamente scaricabili dal sito web.
Cosa sta organizzando EMBnet per celebrare il suo 20 anniversario?
Ci sono molte iniziative in corso, sia di divulgazione che di promozione, ma la pi importante sar proprio la Conferenza che noi, come Nodo Nazionale Italiano EMBnet, stiamo organizzando a Martina Franca. Abbiamo ricevuto moltissimi contributi da parte di bioinformatici e biologi provenienti da ogni parte del mondo. Lo scopo della conferenza sar presentare e discutere nuovi strumenti bioinformatici e tecnologie sviluppate a servizio della ricerca scientifica in una vasta gamma di campi di applicazione come la genomica, la proteomica, la trascrittomica, la system biology, la metagenomica, le nuove tecnologie di high-throughput sequencing. In particolare, saranno discussi i problemi creati dalla massiva produzione di dati provenienti dalle nuove tecnologie di sequenziamento e degli strumenti necessari alla loro gestione ed analisi. Saranno inoltre trattati altri temi come lintegrazione, la fruizione e lanalisi dei dati biologici con metodologie di text e data mining, ontologie e tecnologia Grid. Un altro importante tema sar la biodiversit e saranno presentati strumenti e applicazioni nel campo della biomedicina e agro-alimentare. Infine particolare rilievo verr dato alla formazione e agli strumenti di e-Learning oggi disponibili per la formazione.
Lo scopo primario di questo evento , come nella pi antica tradizione di EMBnet, promuovere soprattutto lintegrazione e la collaborazione tra gruppi che lavorano su obiettivi comuni o convergenti. Utilizzare lo scambio di informazioni per promuovere lo sviluppo di strumenti e tecnologie sempre pi rispondenti alle reali necessit dei ricercatori impegnati alle frontiere della ricerca scientifica. Il programma include inoltre ben 7 keynote lectures da parte di personalit di rilievo come per esempio Chris Sander, uno degli attori principali della nascita di EMBnet, riconosciuto a livello internazionale come il fondatore della Biologia Computazionale.
Links
Sito ufficiale di EMBnet: http://www.embnet.org/
Sito della Conferenza: http://www.embnet.org/EMBnet20thAnniversary
Sito del Nodo Nazionale Italiano EMBnet: http://www.area.ba.cnr.it/embnet.htm
STAMPA: MAURIZIO TRIPI 3357018051 VITO TRIPI